Le musée ouvre ses portes toute l'année à des classes des cycles 2 et 3 pour des visites pédagogiques d'une durée de 2 heures. Par le biais de 8 ateliers, les élèves découvrent l'archéologie, les techniques de fouilles et les méthodes d'investigation appliquées à l'archéologie, l'histoire de la formation du lac et sa biodiversité.